抗日战争期间，马寅初担任了重庆大学教授兼商学院院长。此时的他虽受高校和政府优职聘用，却愤于社会黑暗，在抗战中的陪都重庆公开讲演痛骂四大家族发国难财，挣的是“猪狗畜生钱”，并屡屡抨击国民党政府的内外政策，还在一次演讲中直斥蒋介石，其痛快淋漓在全国脍炙人口。此刻的马寅初志在争取人民生存和基本的民主权利。
在软硬兼施，均不奏效以后，蒋介石于1940年12月6日派兵闯入重庆大学，将马寅初先生逮捕，受到长期关押和监禁。抗战胜利后马寅初恢复自由，他出任中华工商专科职业学校教授，并一马当先地投身于爱国民主运动。建国后，马寅初历任政府多种职务。
早在50年代初，马寅初就注意并开始研究中国人口增长过快的实际问题，并提出了以节制生育、提高人口质量为中心的“新人口论”，为我国人口科学的发展以及解决我国人口问题的实践做出了历史性的贡献。在《新人口论》中，他系统地论述了中国的人口问题，提出了“我国人口增长过快”的命题，认为1953～1957年的中国人口很可能已超过1953年人口普查得出的年增殖率为20‰的结果。如果按1953年统计的20‰的增殖率估算，“三十年后同实际的人口数字一比，就会差之毫厘而失之千里了”。并分别从加速积累资金、提高科学技术、提高劳动生产率和人民的物质文化水平以及增加工业原料等方面，对控制人口的必要性、迫切性进行了论述。